在慶祝2000禧年之際，有著對所陳列的東西及建築物的佈置，及讓公眾參觀有重新安排的迫切性。於是重新規劃了參觀鮑思高神父臥室及博物館的路線及展品。三樓主要展示出鮑思高神父的靈修及使命訊息；而二樓則集中於個人的成長及做事的風格，和慈幼會發展的事業。